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學生對 多伦多大学 提供的 Plant Bioinformatics 的評價和反饋

4.8
209 個評分

課程概述

The past 15 years have been exciting ones in plant biology. Hundreds of plant genomes have been sequenced, RNA-seq has enabled transcriptome-wide expression profiling, and a proliferation of "-seq"-based methods has permitted protein-protein and protein-DNA interactions to be determined cheaply and in a high-throughput manner. These data sets in turn allow us to generate hypotheses at the click of a mouse. For instance, knowing where and when a gene is expressed can help us narrow down the phenotypic search space when we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. Coexpression analyses and association networks can provide high-quality candidate genes involved in a biological process of interest. Using Gene Ontology enrichment analysis and pathway visualization tools can help us make sense of our own 'omics experiments and answer the question "what processes/pathways are being perturbed in our mutant of interest?" Structure: each of the 6 week hands-on modules consists of a ~2 minute intro, a ~20 minute theory mini-lecture, a 1.5 hour hands-on lab, an optional ~20 minute lab discussion if experiencing difficulties with lab, and a ~2 minute summary. Tools covered [Material updated in June 2022]: Module 1: GENOMIC DBs / PRECOMPUTED GENE TREES / PROTEIN TOOLS. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 and Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser Module 2: EXPRESSION TOOLS. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer for exploring RNA-seq data for many plant species, MPSS database for small RNAs Module 3: COEXPRESSION TOOLS. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2 Module 4: PROMOTER ANALYSIS. Cistome, MEME, ePlant Module 5: GO ENRICHMENT ANALYSIS AND PATHWAY VIZUALIZATION. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (optional: Plant Reactome) Module 6: NETWORK EXPLORATION. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA...

熱門審閱

SS

2022年9月14日

That was so insightful and learning course about plants bioinformatic out of basic methods.

Also help in working project to give meaningful answers with validation

SK

2020年5月5日

In- depth learning of the various tools and softwares available to study plant bioinformatics. Guidance of the author through the labs is insightful and informative.

篩選依據:

1 - Plant Bioinformatics 的 25 個評論(共 48 個)

創建者 Ahmad H K

2020年7月5日

創建者 QASIM R

2019年3月10日

創建者 Fabrício d A S

2019年11月8日

創建者 Rubylyn M I

2020年12月9日

創建者 Nitisha N G

2021年4月16日

創建者 Danny W

2019年1月30日

創建者 Alvaro L

2019年7月4日

創建者 Glenn N

2020年2月25日

創建者 DIANEY C C M

2020年8月3日

創建者 SHARON K

2020年5月6日

創建者 Sufiyan

2022年9月15日

創建者 Lerry D P S

2020年5月23日

創建者 Fer B

2021年9月20日

創建者 Hewan D

2020年5月20日

創建者 Lucas A C

2020年7月31日

創建者 Raghavendra G

2020年7月31日

創建者 Suhasini M

2021年11月2日

創建者 Syeda S W

2020年11月8日

創建者 KAVITHA.A

2020年11月3日

創建者 Namrah A

2022年9月5日

創建者 Dr. D D

2020年9月27日

創建者 sunila h

2020年7月13日

創建者 Jude C F

2021年3月31日

創建者 Danilo F S

2021年2月17日

創建者 Fariha T

2020年7月2日