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學生對 多伦多大学 提供的 Plant Bioinformatics 的評價和反饋

4.8
209 個評分

課程概述

The past 15 years have been exciting ones in plant biology. Hundreds of plant genomes have been sequenced, RNA-seq has enabled transcriptome-wide expression profiling, and a proliferation of "-seq"-based methods has permitted protein-protein and protein-DNA interactions to be determined cheaply and in a high-throughput manner. These data sets in turn allow us to generate hypotheses at the click of a mouse. For instance, knowing where and when a gene is expressed can help us narrow down the phenotypic search space when we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. Coexpression analyses and association networks can provide high-quality candidate genes involved in a biological process of interest. Using Gene Ontology enrichment analysis and pathway visualization tools can help us make sense of our own 'omics experiments and answer the question "what processes/pathways are being perturbed in our mutant of interest?" Structure: each of the 6 week hands-on modules consists of a ~2 minute intro, a ~20 minute theory mini-lecture, a 1.5 hour hands-on lab, an optional ~20 minute lab discussion if experiencing difficulties with lab, and a ~2 minute summary. Tools covered [Material updated in June 2022]: Module 1: GENOMIC DBs / PRECOMPUTED GENE TREES / PROTEIN TOOLS. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 and Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser Module 2: EXPRESSION TOOLS. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer for exploring RNA-seq data for many plant species, MPSS database for small RNAs Module 3: COEXPRESSION TOOLS. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2 Module 4: PROMOTER ANALYSIS. Cistome, MEME, ePlant Module 5: GO ENRICHMENT ANALYSIS AND PATHWAY VIZUALIZATION. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (optional: Plant Reactome) Module 6: NETWORK EXPLORATION. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA...

熱門審閱

SS

2022年9月14日

That was so insightful and learning course about plants bioinformatic out of basic methods.

Also help in working project to give meaningful answers with validation

SK

2020年5月5日

In- depth learning of the various tools and softwares available to study plant bioinformatics. Guidance of the author through the labs is insightful and informative.

篩選依據:

26 - Plant Bioinformatics 的 48 個評論(共 48 個)

創建者 Nida F

2020年7月4日

創建者 Anushka B T

2020年7月6日

創建者 Will H

2019年2月12日

創建者 Deluxeani K

2021年6月12日

創建者 Kartavya M

2021年3月28日

創建者 708.AnjuDas

2022年11月7日

創建者 Daniel B

2020年6月28日

創建者 Achintha E

2020年10月5日

創建者 Josué S P

2019年4月2日

創建者 La V M

2021年3月21日

創建者 Dinesh G

2019年4月4日

創建者 Nelson E V V

2019年1月16日

創建者 VINEETHA S

2020年9月16日

創建者 merlin

2020年8月26日

創建者 OMAR C H

2022年3月31日

創建者 Edison R

2020年12月24日

創建者 Amir G S

2019年10月22日

創建者 Nammi S K

2020年6月16日

創建者 Muhammad N

2019年11月2日

創建者 SANKALAN D

2020年5月2日

創建者 Sonali B

2022年6月2日

創建者 SUKRITI B

2019年3月20日

創建者 Dylan S

2021年1月11日